Секвенирует ли Illumina обе цепи?

ГлавнаяСеквенирует ли Illumina обе цепи?
Секвенирует ли Illumina обе цепи?

Illumina получает данные о последовательности из обеих цепочек входной последовательности, что означает, что она выводит данные с обоих концов входной последовательности и обычно сообщает о двух файлах R1 и R2, часто называемых файлами сопряжений (R1 = первые сопряжения, R2 = вторые сопряжения).

Вопрос. В чем разница между сопряженной парой и парным концом?

Для упрощения можно различать два типа чтения для парного секвенирования: парное чтение с короткой вставкой (SIPER) и парное чтение с длинной вставкой (LIPER). Последнюю еще называют матовой парой. Разница между двумя вариантами заключается, во-первых, как ни странно, в длине вставки.

Вопрос. Что такое секвенирование парных концов и парных пар?

Секвенирование парных пар включает создание библиотек ДНК с парными концами с длинными вставками, полезных для ряда приложений секвенирования, включая: Секвенирование de novo. Завершение генома. Обнаружение структурных вариантов.

Вопрос. Что такое последовательность адаптеров?

Последовательность адаптера — это последовательность адаптера, подлежащего обрезке. Когда длина считывания превышает размер вставки ДНК, цикл может секвенировать за пределами вставки ДНК и считывать основания из адаптера секвенирования. Чтобы предотвратить появление этих оснований в файлах FASTQ, последовательность адаптера обрезается с 3'-концов считываний.

Вопрос. Являются ли праймеры и адаптеры одинаковыми?

Праймеры и адаптеры представляют собой синтетические ДНК-олигонуклеотиды, как правило, с известной последовательностью. Праймеры используются в ПЦР для запуска реакций репликации ДНК. Адаптеры — это любые короткие последовательности ДНК, служащие для поиска интересующей последовательности ДНК (обычно неизвестной) для различных целей.

Вопрос. Почему секвенирование парных концов лучше?

Парное чтение улучшает способность определять относительные положения различных прочтений в геноме, что делает его гораздо более эффективным, чем одностороннее чтение, при разрешении структурных перестроек, таких как вставки, делеции или инверсии генов. Это также может улучшить сборку повторяющихся регионов.

Вопрос. Что делают адаптеры в NGS?

Адаптеры включают в себя специфичные для платформы последовательности для распознавания фрагментов секвенатором: например, последовательности P5 и P7 (рис. 1) позволяют фрагментам библиотеки связываться с проточными кюветами платформ Illumina. Каждый поставщик инструментов NGS использует для этой цели определенный набор последовательностей.

Вопрос. Что такое подготовка библиотеки в NGS?

Обзор. Подготовка библиотеки — это первый шаг секвенирования следующего поколения. Это позволяет ДНК или РНК прилипать к проточной ячейке секвенирования и позволяет идентифицировать образец. Как только ваши библиотеки будут подготовлены, вы будете готовы к следующему шагу в рабочем процессе секвенирования следующего поколения.

Вопрос. Как адаптеры с сопряженной парой добавляются к проточной кювете Illumina?

Затем к расширенному набору добавляются адаптеры для секвенирования (серые и фиолетовые), что позволяет проводить амплификацию и секвенирование на проточной кювете Illumina. Геномная ДНК (синий) помечена ферментом-меткой Mate Pair, который прикрепляет адаптер биотинилированного соединения (зеленый) к обоим концам меченной молекулы.

Вопрос. Где на Illumina расположены адаптеры библиотеки?

При выполнении секвенирования на приборе Illumina последовательности, соответствующие адаптерам библиотеки, могут присутствовать в файлах FASTQ на 3'-конце считываний, если длина считывания превышает размер вставки.

Вопрос. Насколько велика библиотека сопряжений Illumina NextEra?

Набор для подготовки библиотеки парных пар Illumina Nextera позволяет создавать библиотеки с широким диапазоном размеров, обычно от 300 до 1500 пар оснований, с пиком в районе 600–700 пар оснований. Нет необходимости дополнительно выбирать размер библиотеки для целей секвенирования.

Вопрос. Чем комплекты адаптеров Illumina отличаются друг от друга?

Наборы адаптеров Illumina отличаются друг от друга в зависимости от количества поддерживаемых образцов, длины и последовательности индексов, а также химического состава, с помощью которого они прикрепляются к фрагменту-вставке. В таблицах ниже приведены технические характеристики комплектов адаптеров Illumina:

Случайно подобранные связанные видео:
illumina color от wella отзыв парикмахера

Бегичев Тимур звездный стилист поделился своим мнением о illumina color от Wella Professionals. Про холодный блонд так желаемый нашими блондинками.Полная вер…

No Comments

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *